30 сентября 2016 года, в день памяти святых мучениц Веры, Надежды и Любови и матери их Софии, митрополит Лев совершил чин освящения Никольского предела в храме апостола Филиппа после завершившегося ремонта. После освящения была совершена Божественная литургия и славление святым мученицам.
Храм апостола Филиппа с 1962 года являлся единственным действующим храмом в Новгороде, открывшийся в замен Никольского собора на Ярославовом Дворище, закрытого в этом же году. Храм был мал и его явно не хватало для всех верующих. В 1972 году в храме был проведен небольшой ремонт: была заменена кровля, заделаны трещины. С южной стороны появилось деревянное крыльцо. В нижнем этаже освящен придел Всех Новгородских Святых. Для его иконостаса несколько икон написал архиепископ Сергий Голубцов. В храме появилось центральное отопление. Художники-реставраторы подновили уцелевшую живопись на стенах, сводах и столбах.
Несмотря на все старания, храм апостола Филиппа разрушался из-за отсутствия существовавшей когда-то подпоры в виде храма святителя Николая. На стенах церкви Филиппа в 60-е годы явно обозначились трещины, северная стена стала отклоняться на север. Одним из вариантов спасением сооружения могло стать воссоздание Никольского храма, следы которого хорошо просматривались: контуры сводов, перекрывающих 1 и 2 этажи, остатки лопаток (вертикальных, плоских и узких выступов на стене), голосники, ниши, очертания фундамента. Однако осуществить этот смелый замысел было нелегко: по существу это означало, что придется сооружать новый храм, который, несомненно, станет так же действующим. И это в то время, когда по всей стране проходит компания по ликвидации православных приходов.
Но, так как здание храма апостола Филиппа оказалось под угрозой, представители епархии стали настойчиво обращаться в Управление культуры и другие организации с просьбами принять меры, после чего Новгородской реставрационной мастерской было поручено тщательно обследовать памятник и внести предложения по его спасению. В марте 1969 года реставрационное задание на упрочение церкви апостола Филиппа с восстановлением Никольского придела было согласовано с Госинспекцией. Руководитель мастерской Ромуальд Феликсович Шафрановский решил поручить этот объект молодому, но уже в меру опытному архитектору-реставратору Нинель Кузьминой.
Началась огромная изыскательская работа, необходимая для составления плана реставрации памятника, в ходе которой установлено, что строение храма святителя Николая было одной высоты с храмом апостола Филиппа, над ним поднимались две главы на каменных барабанах: большая – над храмом святителя Николая и малая – над Троицким приделом. Изучив собранный материал, специалисты сделали вывод, что именно утрата Никольского храма повлияла на последующее разрушение Филипповской церкви, поскольку Никольский придел был для неё опорой (контрофорсом) и без него соседний храм долго простоять не сможет. Был разработан и предложен проект реставрации памятника в формах ХVII века с cохранением поздних пристроек и колокольни.
Прошло ещё несколько лет, пока за осуществление проекта не взялся сам митрополит Ленинградский и Новгородский Никодим. Он стал настойчиво и неутомимо обращаться во все, даже самые высокие инстанции, доказывая необходимость спасения храма на основе разработанного проекта. В 1977 году проект Н.Н. Кузьминой снова был представлен в Госинспекцию где и был утверждён. Уже в ноябре того же года митрополит Новгородский и Ленинградский Никодим благословил реставрационно-восстановительные работы, финансировала которые Новгородская епархия.
После усиления фундаментов на них вскоре поднялись стены Никольской церкви со сводчатым перекрытием. Появились деревянные хоры, поднялся каменный световой барабан с главой, крытой деревянным лемехом. Основной объём новостройки покрыли медной кровлей. Воссоздали большинство деталей древнего украшения храма. Необычная по тем временам стройка шла быстрыми темпами, аккуратно и точно. Чувствовалось, что люди работали с осознанием важности своего дела.
Уже через год, 13 декабря 1978 года, храм святителя Николая был освящен митрополитом Новгородским и Ленинградским Антонием, сменившим скоропостижно скончавшегося в том же году владыку Никодима.
